Utilisation des Pseudomonas spp. fluorescents et des plantes aromatiques et médicinales contre Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis, agent du chancre bactérien de la tomate

Abstract

Notre thème de recherche s’insère dans le cadre de la lutte biologique qui peut être considérée comme une alternative potentielle à la lutte chimique. Les études que nous avons menées visaient dans un premier temps la recherche et la sélection des Pseudomonas spp. fluorescents antagonistes à l’agent du chancre et dans un deuxième temps l’évaluation des substances naturelles extraites des plantes en vue de leur utilisation contre cette bactériose. Nous disposons d’une collection de Pseudomonas spp. fluorescents antagonistes à C.m.m. et colonisatrices des racines de la tomate. Les isolats antagonistes sélectionnés ont été criblés à l’aide du test de desséchement des cotylédons. Les huit isolats retenus ont significativement réduit l’incidence du dessèchement des cotylédons. L’efficacité des souches retenues est ensuite évaluée en pots sous serre ; l’incidence du chancre bactérien est ralentie après la bactérisation des semences et des racines des plants de tomate. La capacité des deux meilleurs isolats (RN39e et RN69) de protéger la tomate contre l’invasion du chancre bactérien a été confirmée condition de production de la tomate sous serre et un effet PGPR relatif a été relevé ; surtout dans les premiers stades de la culture. De plus, ces deux isolats résistent bien à certains facteurs abiotiques à savoir la température, le pH et les sels. L’identification génétique des meilleurs isolats de Pseudomonas par séquençage de l’ARN 16S et celui du gène rpoB nous a permis de confirmer l’hétérogénéité de notre collection. Deux principaux groupes ont été définis : le groupe apparenté à P. azotoformans et le groupe apparenté à P. plecoglossicida. Un autre axe est développé, en termes de lutte biologique contre le chancre bactérien, à savoir l’utilisation des extraits de plantes médicinales. Les essais réalisés in vitro avec les extraits aqueux de 40 plantes, du sud marocain, ont permis de sélectionner quelques plantes à pouvoir inhibiteur élevé et appartenant aux genres Lavandula, Rubus, Rosa, Cistus, Pistacia et Anvillea. Par ailleurs, le traitement des semences de tomate récupérées à partir des fruits naturellement infectées par C.m.m, par les extraits des meilleures extraits a permis l’amélioration de leur pouvoir germinatif. Le traitement des semences, artificiellement enrobées par les cellules du pathogènes, avec les meilleurs extraits réduit significativement la population du pathogène à la surface de ces semences par rapport au témoin. L’analyse par CCM des extraits évalués montre qu’ils sont riches en composés phénoliques ; acides phénols et flavonoïdes. Le dosage des phénols, des flavonoïdes ainsi que l’évaluation de l’activité antioxydante a mis en évidence une corrélation linéaire significative entre l’activité biologique et l’activité antioxydante des extraits aqueux et la richesse en composés phénoliques et en flavonoïdes. Une autre corrélation positive est établie entre l’activité antioxydant et l’activité biologique.