Caractérisation supra- et infra-spécifique de quelques cryptogames : approches taxinomique et épidémiologie

Abstract

Plusieurs techniques complémentaires permettant d’analyser le polymorphisme du matériel génétique ont été mises en œuvre sur des organismes phylogénétiquement éloignés mais traditionnellement réunis sous le terme de cryptogames : des Bryophytes d’une part et des micromycètes d’autre part. Chez les Bryophytes, ces méthodes ont permis une approche taxinomique sur six espèces du genre polytrichum. Nous avons pu montrer qu’elles se subdivisent en deux groupes, en accord avec la systématique actuelle. Polytrichum commune, P. formosum et P. c. var. perigoniale constituent un groupe relativement distinct du groupe constitué par polytrichum strictum. P. juniperinum et P. piliferum. L’analyse phylogénétique a permis de dégager clairement deux espèces jusqu’ici controversées P.C. var. perigoniale et P. strictum. Chez les espèces du genre polytrichum, la croissance correspond à une production rythmique de cohortes. Sur les trois années étudiées, ces cohortes se superposent et accroissent le diamètre de la population. L’auto-organisation de la croissance horizontale et verticale est soumise à des contraintes internes où intervient principalement le diamètre des rosettes de feuilles. L’étude de la biodiversité génétique montre que les espèces du genre polytrichum. Organismes haploïdes à multiplication végétative, ont une variabilité génétique comparable à celle des plantes à fleurs. De plus, chaque population, bien qu’elle constitue un ensemble architectural harmonieux, est d’origine polyclonale. Ces méthodes ont par ailleurs permis d’approcher l’épidémiologie de la colonisation fongique des voies respiratoires chez les patients atteints de mucoviscidose. A ce titre, elles ont montré pour Aspergillus fumigatus, premier champignon filamenteux en fréquence chez ces patients, un comportement un peu particulier face à scedosporium apiospermum. Pour A. fumigatus, de multiples génotypes sont observés chez les patients nouvellement colonisés, alors que les patients anciennement colonisés présentent un génotype commun largement majoritaire. Une sélection génotypique semble donc s’exercer avec l’ancienneté de la colonisation. Par contre, l’application d’une combinaison de trois amorces RAPD (préalablement sélectionnés pour leur pouvoir discriminant) à des isolats multiples et séquentiels de S. apiospermum a montré la clonalité de la colonisation, et l’absence de génotype commun aux différents patients. Différentes méthodes d’étude du polymorphisme ont également été appliquées à deux isolats de Candida glabrata, 1084-L sensible aux azolés et 1084-S résistant, provenant d’un patient préalablement traité par fluconazole. L’analyse par RAPD et électrophorèse en champs pulsé a établi les parentés génétiques entre ces deux isolats. En outre, l’analyse des profils de restriction de l’ADN mitochondrial et son amplification par les amorces ML1 et ML6 a confirmé l’origine mitochondrial de la déficience respiratoire pressentie par cytométrie en flux et microscopie électronique à transmission. Ainsi, ces méthodes ont démontré que la sélection in vivo de mutants petite résistants aux azolés peut survenir chez les patients traités par fluconazole