ÉVALUATION DES TECHNIQUES MOLÉCULAIRES POUR LE DIAGNOSTIC RAPIDE DES INFECTIONS BACTÉRIENNES

Abstract

Le diagnostic rapide et fiable des infections bactériennes représente un enjeu majeur de santé publique. En situation d’urgence infectieuse, notamment en cas de sepsis, chaque heure de retard dans l’identification du pathogène augmente le risque de morbidité et de mortalité. La culture bactérienne, méthode de référence historique, demeure indispensable mais souffre d’un délai de rendu long (48 à 72 h) et d’une sensibilité réduite après antibiothérapie. Les approches moléculaires, telles que la PCR multiplex (mPCR) et le séquençage de nouvelle génération (NGS), offrent une alternative performante permettant une détection simultanée, rapide et exhaustive des agents pathogènes et de leurs gènes de résistance. Cette étude, fondée sur 40 travaux publiés entre 2014 et 2025, compare les performances de la mPCR et du NGS à la culture dans divers contextes infectieux (sepsis, respiratoire, urinaire, ostéo-articulaire). Les taux de positivité étaient significativement plus élevés avec les techniques moléculaires : 41,1 % (mPCR) vs 9,1 % (culture) dans le sepsis, et jusqu’à 100 % (NGS) vs 21,4 % (culture). Le délai diagnostique a été réduit à moins de 4 heures, avec une concordance génotype-phénotype de 85 à 100 % pour les gènes blaKPC, blaCTX-M, mecA et vanA/B. Ces méthodes conservent leur efficacité malgré l’exposition préalable aux antibiotiques et ont permis une adaptation thérapeutique dans 40 à 70 % des cas, participant ainsi à la lutte contre l’antibiorésistance. Ces résultats invitent à reconsidérer la culture comme unique “gold standard” au profit d’un référentiel composite clinico-biologique et radiologique, plus représentatif de la réalité clinique. La culture reste utile pour la confirmation phénotypique, mais les approches moléculaires s’imposent désormais comme un pilier complémentaire essentiel du diagnostic rapide et intégré.