DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE DE L'INFECTION A SARS-COV-2 : EXPERIENCE DU LABORATOIRE CENTRAL DE VIROLOGIE DU CHU IBN SINA

Abstract

Introduction : Le COVID-19 est une infection respiratoire aigûe, hautement contagieuse, causée par le SARS-CoV-2. L'impact de la pandémie sur les différents systèmes de santé était accablant. L'objectif de notre travail est de décrire le rôle du laboratoire dans le diagnostic virologique de l'infection par le SARS-CoV-2 ainsi que de faire une analyse épidémiologique, clinique et virologique. Matériels et méthodes : Il s'agit d'une étude descriptive rétrospective, intéressant une série de cas, réalisée au Laboratoire Central de Virologie (LCV) du CHU Ibn Sina, Hôpital des spécialités, Rabat, sur une période de 12 mois, entre Avril 2020 et Mars 2021. Le diagnostic virologique s'est basé sur une extraction automatisée de l'ARN viral suivie d'une RT-PCR en temps réel, selon la technologie Taqman, utilisant le kit MAScIR. Résultats : Durant notre étude, nous avons analysé 4002 échantillons provenant du CHU avec un résultat RT-PCR positif pour le SARS-CoV-2. La médiane d'âge était de 44 ans avec un intervalle interquartile de [29 ; 60]. Le sexe ratio H/F était de 0,77. Le pic de cas était situé au mois de Novembre 2020. Les comorbidités les plus fréquentes étaient le diabète (31%) et l'hypertension artérielle (28%). Les signes cliniques étaient dominés par la fièvre (55%), la toux (53%), les céphalées (29 %), la dyspnée (28%), les myalgies (26%) et le mal de gorge (26%). 10% des cas étaient asymptomatiques. Le pourcentage des asymptomatiques chez les femmes était plus élevé que chez les hommes. Les enfants présentaient aussi plus de formes asymptomatiques. Le pourcentage des cas symptomatiques était plus élevé parmi les patients diabétiques (99,2%) que parmi les patients non diabétiques (93,1%). Selon les valeurs des Ct des gènes cibles, la population de l'étude a été répartie en positif fort (29%), positif (53%) et positif faible (18%). Le pourcentage de positifs faibles était plus élevé chez les enfants que chez les adultes. Les patients réinfectés par le SARS-CoV-2 ont présenté des charges virales plus faibles. Les charges virales étaient plus élevées chez les patients présentant les symptômes suivants : mal de gorge, myalgies, céphalées, anosmie, agueusie. Elles étaient plus faibles chez les patients présentant les symptômes suivants : dyspnée et détresse respiratoire. La charge virale n'était pas influencée par la présence ou non de symptômes, soulignant le potentiel de propagation du virus par les cas asymptomatiques. Conclusion : L'impact de la pandémie sur le LCV a révélé l'importance de la coordination entre de multiples partenaires et du soutien envers les professionnels de santé qui ont d{copy}u affronter plusieurs défis et contraintes. Cette étude a démontré une association significative entre plusieurs paramètres épidémiologiques, cliniques et virologiques du COVID-19. Ce travail a fait ressortir, entre autres, l'importance des mesures prophylactiques pour la lutte contre cette pandémie et pourrait servir de référence pour des études ultérieures sur les données virologiques de l'infection à SARS-CoV-2.