GENOMIQUE ET METAGENOMQUE: IMPORTANCE ET APPLICATION DANS LES INFECTIONS BACTERIENNES

Abstract

Le séquen{D0}cage de nouvelle génération (NGS) est une nouvelle méthode qui a pour but l'amélioration de la capacité du diagnostic, l'interrogation et le suivi des maladies infectieuses, il a développé l'analyse génomique par l'inauguration de nouveau moyen de détection des agents pathogènes, surtout que la plupart de ces agents contiennent des génomes d'ADN ou d'ARN. D'une part, La métagénomique est une technique indépendante de la culture, basée sur les progrès récents dans le domaine des NGS, son avantage réside dans sa capacité à détecter directement le microbe pathogène responsable dans un échantillon humain clinique ainsi que de détecter de nouveaux agents pathogènes. Son efficacité était affirmée dans l'identification du COVID-19 par séquen{D0}cage métagénomique viral dans les laboratoires de diagnostic sans avoir besoin d'amorces PCR spécifiques aux agents pathogènes. D'une autre part, l'adaptation génomique et protéique des bactéries ont causé la résistance aux antibiotiques dont la surveillance représente une contribution essentielle pour la santé publique. Pourtant, la génomique était la source pour identifier exhaustivement et rapidement les facteurs de virulence et/ou les déterminants de la résistance aux antibiotiques d'une souche pathogène. Prochainement, il serait peut être possible de séquencer le génome de toute bactérie engendrant une infection sévère afin de faire des prises en charge personnalisées Pour conclure, l'objectif de cette thèse est l'application du séquen{D0}cage métagénomique de nouvelle génération au diagnostic clinique des maladies infectieuses, surtout l'infection par coronavirus, les infections bactériennes et la résistance aux antibiotiques. "