Structure et organisation génomique du RNA 2 du Grapevine Fanleaf Virus (GFLV), néopovirus responsable du court-noué de la vigne

Abstract

Le "Grapevine Fanleaf Virus " ou GFLV est un népovirus responsable de la maladie du court-noué de la vigne. Il comporte deux RNA génomiques (RNAI et 2) de polarité positive, polyadénylés en 3’ et liés à un VPg en 5’. Le RNA2 est incapable de se répliquer en l’absence du RNA1. Le RNA2 contient 3774 nucléotides (nt) avec une séquence 5’ non-codante de 232 nt et 3’ non-codante de 215 nt. La phase ouverte de lecture code pour une polyprotéine de 122 Kd (P2) contenant l’information pour la protéine capsidaire. La CP est libérée après clivage de P2 au niveau d’un site Arginine/Glycine et correspond aux 504 amino acides C-terminaux (PM 56 Kd). La P2 contient en plus du domaine de la CP, un domaine interne (≈44Kd) qui serait impliqué dans la diffusion virale et un domaine N-terminal (≈22 Kd) qui pourrait intervenir dans le mode de transmission par nématodes. La comparaison de séquence du RNA2 du GFLV avec celle du RNA M du CPMV ou avec celle du RNA2 du TBRV ou du GCMV, a permis de préciser le niveau de parenté entre ces virus. Des transcrits obtenus à partir d’un gène chimère de la CP ont permis la synthèse in vitro d’une protéine de 56 Kd ainsi qu’une protéine de 52 Kd produite par initiation interne de traduction. Ces deux protéines ont les mêmes propriétés immunologiques que la CP virale. Le gène chimère est utilisé pour étudier la résistance au virus de plantes transgéniques (Nicotiana benthamiana) exprimant la CP après transformation. Des transcrits de cDNA complets correspondant au RNA2 permettent la synthèse in vitro d’une polyprotéine de 122 Kd et d’une protéine légèrement plus grande qui sont immunoprécipitées par un sérum anti-CP. L’activité biologique de ces transcrits a été contrôlée en présence de deux népovirus très proches du GFLV-F13, susceptibles d’assurer la réplication du RNA2 du GFLV.