Production de composts à base de déchets organiques et leurs utilisations dans la lutte biologique à travers leurs effets suppressifs vis-à-vis les agents pathogènes

Abstract

L’efficacité des composts pour la suppression des agents pathogènes varie en fonction des mélanges utilisés pour les produire et du système plante hôte-pathogène. Les raisons de cette variabilité demeurent encore en grande partie méconnues. De plus, les mécanismes d’inhibition des pathogènes par les composts restent encore insuffisamment explorés. Une meilleure connaissance des paramètres influençant les propriétés phytosanitaires des composts est donc indispensable afin de pouvoir optimiser leur utilisation pour lutter contre les maladies des plantes. Dans le premier volet de ce travail, les teneurs en agents pathogènes des composts issus de différents types de matières organiques mélangés par des résidus phosphatés ont été suivies. Les résultats des analyses microbiologiques montrent que le taux des coliformes fécaux ; Escherichia coli et les streptocoques fécaux enregistrent une nette diminution au cours du processus de compostage. Les actinomycètes montrent une grande prolifération au long des deux phases du compostage. La quantité de Pseudomonas aeruginosa augmente aussi au cours du processus du compostage. En ce qui concerne les populations fongiques le taux pour les différents composts varient entre 107 et 108 UFC/g MF à la fin du compostage. Tous ces résultats témoignent du bon déroulement des activités biologiques au sein des composts, accompagnées d’une élévation consécutive des températures au cours des phases thermophiles, et ont une relation étroite avec des indicateurs de stabilité et de maturité basés sur les propriétés physico-chimiques du compost et des tests de germination. Dans un deuxième volet, on a essayé d’isoler une grande partie des microorganismes à effet antimicrobien à partir des composts étudiés. Parmi les 9 isolats efficaces, une bactérie très prometteuse Pseudomonas aeruginosa a été identifiée sur la base de la PCR, séquençage du gène de l'ARNr 16S. Ceci explique bien sa prolifération au cours du processus de compostage. Cette bactérie a démontré un effet antibactérien très intéressant contre Salmonella spp ; Streptococcus spp et E. coli. Ainsi que, elle a démontré une grande activité antifongique contre Fusarium oxysporum f.sp. albedinis et Aspergilus niger. Après avoir exposé les principes actifs de cette bactérie à la chaleur et aux traitements enzymatiques, il s’est avéré que ces principes actifs gardent leur effet antimicrobien, ils’agit donc des principes actifs de nature non protéique, non lipidique et non sachharidique. In vivo, le traitement des pommes de l’espèce Malus sylvestris Mill par P. aeruginosa (108 CFU / ml) et Aspergilus niger (107 CFU / ml) a réaffirmé l’effet antifongique de cette bactérie, en inhibant complètement l'effet phytopathogène d'Aspergilusniger. Aussi, l’inoculation des mandarines de l’espèce Citrus reticulata Blanco avec l’antagoniste P. aeruginosa 24 avant Fusarium oxysporum f. sp. Albedinis inhibe complètement l’apparition de la sporulation blanche due à Fusarium oxysporum f. sp. Albedinis par rapport aux témoins. En perspective de ce travail, les substances bioactives responsables de ces effets anti-bactériens et anti-fongiques seront isolées et purifiées dans un objectif de leur valorisation pour le biocontrôle de phytopathogènes