Isolement et identification des PGPR à potentialités antagonistes vis à vis de Fusarium oxysporum agent pathogène-effet de la salinité

Abstract

L’utilisation exagérée des produits chimiques dans l’agriculture, aboutit à des effets secondaires néfastes autant pour les plantes que pour l’environnement. Pour limiter ces dégâts, la lutte biologique est le moyen de lutte le plus respectueux pour l’environnement. Dans la présente étude, l’isolement de 374 souches bactériennes antagonistes est réalisé sur deux biotopes agricoles (la pomme de terre et le fraisier). 245 souches sont isolées à partir du sol, 69 souches isolées à partir des feuilles et 60 souches à partir des racines des deux plantes. Le screening de l’antagonisme de ces 374 isolats est réalisé envers trois champignons phytopathogènes, fusarium oxysporum, Botrytlis cinerea et Alternaria alternata. Nous avons constaté que 24 isolats ont présenté une activité antagoniste avec un taux d’inhibitions de la croissance mycélienne supérieur ou égal à 37%. La confrontation par la technique de culture duale permet de retenir 6 isolats bactériens (Fr43, F31, Fr52, F101, B6 et B29) avec des zones d’inhibitions assez importantes contre Fusarium oxysporum, Botrytis cinerea (entre 27 et 52 mn de diamètre de la zone d’inhibition). Cependant, les 24 isolats bactériens sont identifiés sur la base des caractères morphologiques, physiologiques et biochimiques. Par ailleurs, l’identification des quatre isolats les plus actifs (Fr43, F31, B6 et B29) est complétée par une identification moléculaire (PCR). Il s’agit de Pseudomonas brassicacearum subsp (Fr43), d’Acinetobacter Iwoffii strain HaTc14 (F31), Bacillus amylotiquefaciens (B6) et de Bacillus subtilis (B29). Les quatre isolats sont caractérisés par leur capacité à améliorer la croissance et la protection végétale. Ils ont la capacité de solubiliser les phosphates sur le milieu PVK (30, 15 et 82. 43µg/ml). D’autre par la quantité d’AIA produite par ces isolats varie entre 51.21 et 83.09µg/ml. Tandis que la production maximale de sidérophores est observée aux concentrations de 1 et 20mmo1/1 de Fe3+ avec un pourcentage compris entre 70.8 et 90.64%. Celle-ci régresse aux concentrations de 100 et 150mmo1/1 en Fe+. Ces isolats possèdent une activité cellulosique et ont une capacité d’halotolérance. En effet ils croissent et expriment des activités PGP (production d’AIA de sidérophores et solubilisation des phosphates) même à des concentrations élevées en NaCI (200mM de NaCI). Alors que, leur activité la plus élevée est enregistrés entre 50 et 100 mM de NaCI. L’inoculation des plantes de pomme de terre par les quatre isolats bactériens, sous contrainte saline (0, 2, 4 et 6g/1 de, naCI), améliore nettement ses paramètres morphologiques. Ils induisent aussi la réduction de la teneur en proline foliaire et en sucres solubles. Cet effet est important surtout après traitement par l’isolat Fr43 avec une différence de réduction de 19.63% par rapport au témoin à la concentration 4g/I de NaCI. La teneur en Na+ intracellulaires est importante à 2.4 et 6g/I de NaCI comparativement au témoin. Cependant, l’inoculation par les quatre isolats bactériens réduit l’accumulation de Na+ dans les feuilles et racines, où la souche Fr43 est la plus importante avec une différence d’accumulation de 26% par rapport au témoin. L’effet inhibiteur du sel sur l’absorption de K+ est aussi atténué en présence des quatre isolats bactérien dans toutes les concentrations.