Étiologie virale des infections respiratoires et épidémiologie moléculaire du virus respiratoire syncytial au Maroc : une perspective dans le cadre du programme national de surveillance de la grippe.

Abstract

Dans le cadre du réseau national de surveillance de la grippe, des prélèvements respiratoires ont été collectés sur les sites sentinelles auprès de patients de tous âges présentant un syndrome grippal (SG) ou une infection respiratoire aiguë sévère (IRAS) durant 3 saisons grippales (Septembre 2014 à Décembre 2016). Ces échantillons ont été investigué moyennant la réaction de polymérisation en chaîne pour détecter 16 virus respiratoires les plus courants. La détection virale et le sous-typage du virus respiratoire syncytial (HRSV) ont été étendus sur 5 années épidémiques (Septembre 2012 à Aout 2017), et la saisonnalité du HRSV dans le pays a été examinée. Un échantillonnage représentatif des prélèvements positifs pour le HRSV a été séquencé grâce aux techniques de séquençage nouvelle génération (NGS). L’analyse phylogénétique a été réalisée sur la deuxième partie hypervariable du gène G (HVR-2), et les génotypes ont été confirmés. De septembre 2014 à décembre 2016, un total de 2009 échantillons ont été collectés. Un virus respiratoire au moins a été détecté dans 1423 (70,8%) de ces échantillons. Le virus de la grippe était le plus fréquemment détecté dans 612 (30,4%) des échantillons positifs, suivi du virus respiratoire syncytial (HRSV) dans 359 (17,9%), des rhinovirus (HRV) dans 263 (13,1%), et de l’adénovirus (HAdV) dans 124 (6,2%) échantillons. Le virus influenza prédominait chez les adultes 15-49 ans, avec une prévalence de 43,3%. En revanche, chez les enfants <5 ans, le HRSV était le virus le plus prévalent (37,6%). Le virus influenza, le HRSV et le métapneumovirus humain (HMPV) circulaient essentiellement pendant la saison froide, tandis que les autres virus étaient détectables tout au long de l'année. L'étude des 3679 échantillons collectés durant la période 2012/2017 confirme la prévalence du HRSV parmi les enfants marocains hospitalisés. La proportion d'infections respiratoires attribuables au HRSV parmi les nourrissons âgés de 0 à 6 mois était de 53% (303/572). La tendance saisonnière du HRSV a également été confirmée. En analysant phylogénétiquement les séquences, les génotypes HRSVA-ON1 et HRSVB-BA ont été les seuls détectés. La présente étude suggère qu'environ 79% des infections respiratoires aiguës enregistrées chez des enfants < 5 ans au Maroc étaient dues à des infections virales, dont le HRSV représentait la part la plus importante, notamment chez les nourrissons. Cette étude constitue également le premier rapport sur la variabilité génétique du HRSV au Maroc basée sur une analyse partielle du gène G. Les résultats de ce travail permettront une meilleure compréhension de l'évolution des génotypes du HRSV et de leur circulation globale.