EVALUATION DE LA PERFORMANCE D’UN TEST DE CRIBLAGE MOLECULAIRE POUR LA DETECTION DES VARIANTS DU SARS-COV-2

Abstract

L'émergence de variants du SARS-CoV-2 pendant la pandémie de COVID-19 a souligné l'importance d'une surveillance génétique rigoureuse pour le suivi et la gestion de l'épidémie. Cette étude évalue la performance du test de criblage moléculaire VirSNiP de TIB MOLBIOL pour la détection des variants du SARS-CoV-2, en comparaison avec la méthode de séquençage haut débit Ion Torrent. Cinq mutations spécifiques (N460K, F486P, K444T, NSP12/Y273H, NSP13/N268S), présentes dans les sous-variants Omicron BQ1 et XBB, ont été ciblées. Les résultats montrent une forte concordance pour les mutations Spike N460K et K444T avec un coefficient Kappa de 1 et 0.89 respectivement. Le test F486P a également montré une bonne performance avec un Kappa de 0.92. En revanche, les tests visant les mutations NSP12/Y273H et NSP13/N268S ont donné des résultats moins satisfaisants, soulignant la nécessité d'améliorer la détection pour ces cibles spécifiques. Bien que le séquençage complet du génome demeure la méthode de référence pour la surveillance des variants, le criblage moléculaire représente une alternative intéressante. Il offre une rapidité d'exécution et un coût inférieur, ce qui le rend pertinent pour une utilisation en routine dans les laboratoires.