Etude épidémiologique et moléculaire de l’Influenza Aviaire au Maroc : Détection moléculaire chez les oiseaux sauvages, dynamique spatio-temporelle et histoire évolutive des virus H9N2

Abstract

L’Influenza aviaire (IA) est une maladie zoonotique importante pour la santé publique et animale, causée par l’Influenza virus A, qui affecte les volailles domestiques, les oiseaux sauvages et les mammifères, y compris l’homme. Les oiseaux aquatiques sont considérés comme le réservoir naturel de ce virus. En 2016, le Maroc a connu la première apparition du virus de l'influenza aviaire (VIA) H9N2 faiblement pathogène chez la volaille qui malgré la mise en place de stratégies de vaccination en masse pour contrôler la maladie, le virus est devenu endémique chez les volailles dans le pays. Cependant, aucun cas n'a été signalé chez les oiseaux sauvages. La présente étude visait à détecter la présence du VIA chez les oiseaux sauvages au Maroc afin de tracer les sources possibles des virus affectant les volailles et à investiguer les origines, le potentiel zoonotique, ainsi que l'impact de la vaccination sur l'évolution moléculaire des virus H9N2 marocains. Entre 2016 et 2019, 967 échantillons provenant de 480 oiseaux représentant 56 espèces différentes d'oiseaux sauvages, 20 familles et 8 ordres ; principalement des Charadriiformes, Anseriformes, Pelecaniformes et Passeriformes, ont été prélevés dans diverses zones humides et sites ornithologiques pertinents au Maroc. Ces échantillons de terrain étaient constitués de 374 écouvillons cloacaux, 321 écouvillons trachéaux, 54 échantillons de fèces frais et 218 pools d'organes, y compris la trachée, les poumons, le foie, la rate, le coeur, l'intestin et le cerveau. Les échantillons ont été examinés pour la présence du virus de l’IA à l'aide de la réaction de polymérisation en chaine transcriptase inverse en temps réel basée sur TaqMan (rRT-PCR) ciblant le gène de la matrice, suivie d'autres tests de sous-typage rRT-PCR ciblant les gènes H1 à H16. Le gène de la matrice IA a été détecté dans 18 des 967 échantillons (1,86 %); les échantillons positifs ont été détectés chez 17 oiseaux appartenant à 10 espèces d'oiseaux : deux chevaliers gambettes (Tringa totanus), un bécasseau minute (Calidris minuta), un tournepierre à collier (Arenaria interpres), une bécassine des marais (Gallinago gallinago), un chevalier aboyeur (Tringa nebularia ), une échasse blanche (Himantopus himantopus), deux mouettes rieuses (Chroicocephalus ridibundus), un goéland Railleur (Chroicocephalus genei), six hérons garde-boeufs (Bubulcus ibis) et une foulque macroule (Fulica atra). Le VIA a été détecté dans 2 zones humides et 1 site ornithologique (Complexe Sidi Moussa-Oualidia, Lagune de Smir et Côte d'El Jadida) et la positivité la plus élevée a été révélée dans des échantillons fécaux frais (11,1%), indiquant la pertinence de cette matrice pour la surveillance des oiseaux sauvages. Nos résultats soulignent que les échassiers, les goélands et les hérons garde-boeufs sont les espèces les plus touchées et peuvent représenter un risque potentiel d'introduction d'IA dans le secteur avicole au Maroc. Un suivi régulier des oiseaux sauvages au Maroc, portant notamment sur les zones et les espèces identifiées dans cette étude comme à haut risque de circulation du virus, doit être mis en place pour anticiper et prévenir une éventuelle propagation du VIA. 28 virus H9N2 collectés de 2016 à 2021 dans des élevages avicoles marocains ont été isolés et leurs génomes entiers séquencés. Les analyses phylogénétiques et évolutives ont montré que les virus marocains H9N2 appartiennent à la lignée G1 et sont étroitement apparentés aux virus isolés en Afrique et au Moyen-Orient. Une grande similitude entre toutes les séquences d'hémagglutinine (HA) de 2016-2017 a été observée, tandis que les virus identifiés en 2018-2019 et 2020-2021 étaient séparés de leurs ancêtres de 2016-2017 par de longues branches. Des mutations de la protéine HA associées à une dérive antigénique et à un potentiel zoonotique accru ont également été trouvées. Les analyses phylogéographiques bayésiennes ont révélé que le Moyen-Orient était la région d'origine du virus marocain H9N2, avant de se propager aux autres pays africains. Notre étude est la première analyse complète de l'histoire évolutive des virus H9N2 dans le pays, soulignant leur potentiel zoonotique et soulignant l'importance de mettre en place des systèmes de surveillance efficaces.