Etude de la biodiversité des bactéries telluriques halophiles au niveau du Bas Loukkos ( Marais salants & Marecage de Beggara )

Abstract

L’étude de la biodiversité des bactéries halophiles dans une zone humide protégée située dans le Bas-Loukkos, a permis l’isolement de 124 souches provenant de sédiments prélevés d’un marécage salé et de marais salants. 120 isolats (98%) sont des halophiles modérées et halotolérantes. Parmi les 124 isolats, 102 sont des bactéries à Gram positif, tandis que 22 seulement sont à Gram négatif. Les isolats ont été identifiés par le séquençage de l’ADNr 16S et caractérisés physico-chimiquement et par leur production d’enzymes hydrolytiques extracellulaires. Les isolats à Gram positif dominés par le genre Bacillus (89%) ont été assignés à Bacillus aquimaris, B. megaterium, B. hwajinpoensis, B. oceanisediminis, B. safensis, B. simplex, B. jeotgali, B. thioparans, B. cereus, B. niabensis, B. licheniformis, B. flexus, B. gibsonii, B. clausii, Bacillus sp., Jeotgalibacillus campisalis, Planococcus rifietoensis, Staphylococcus warneri, S. hominis, Thalassobacillus devorans et Jeotgalibacillus salarius. Les isolats à Gram négatif dominés par le genre Vibrio (41%) ont été assignés à Vibrio alginolyticus, Vibrio atypicus, Vibrio fluvialis, Vibrio azureus, Vibrio sp., Salinivibrio costicola, Halomonas salina, Halomonas saccharevitans, Psychrobacter piscatorii, Photobacterium halotolerans, Halomonas sp., Marinobacterium sp., Pseudoalteromonas sp., Salinivibrio sp. et Photobacterium sp.…… La croissance des souches obtenues sous différentes conditions physico-chimiques et le criblage des souches pour la production d’enzymes hydrolytiques ont montré une grande diversité au sein de la même espèce. Quinze bactéries halophiles choisies ont été testées pour évaluer leur activité antagoniste contre le Botrytis cinerea, Fusarium oxysporum f.sp. albedinis et Alernaria alternata. Le test in vitro a révélé que 12 (80%) isolats sécrétent des composés diffusibles et des enzymes hydrolytiques et 3 (20%) des composés volatils au moins contre un champignon. Le test in vivo a montré que 2 isolats (16,6%) ont une activité antifongique permanente contre Botrytis cinerea sur les tomates infectées avec 100% d'inhibition après 7 jours.