Analyse bioinformatique du microbiome intestinal et des micro-organismes contenus dans les eaux de puits identifiés par séquençage moléculaire

Abstract

L'accès à l'eau potable est une composante nécessaire à la santé et au bien-être humain. C'est un défi mondial dans les pays développés et ceux en voie de développement. Le Maroc, n'en faisant pas exception, connaît une contamination des nappes phréatiques dans la quasi-totalité des communautés rurales. En effet, les eaux de puits de la zone rurale de Sidi Ayache, dans la province de Kénitra, au Maroc, restent la principale source d'eau potable et d'assainissement des ménages. Cependant, la présence des fosses septiques à proximité des puits a suscité des inquiétudes quant à la sécurité des eaux souterraines du bassin versant. Afin de déduire l'impact des fosses septiques sur l'eau, le sol, le végétal, l'animal et l'homme ; une enquête par questionnaire a été établie pour évaluer la qualité des eaux de puits dans la zone rurale d'étude, à travers le témoignage des habitants, pour avoir un retour sur les différents usages des eaux de puits. 413 ménages ont été concernés par cette enquête. Les résultats préliminaires ont révélé que la plupart des gens doutent de la qualité des eaux de puits. Ils affirment que toutes les maladies observées dans la région pourraient provenir de la mauvaise qualité des eaux souterraines de mauvais goût et donc non potables. Il a également été observé que dans certains ménages, il n'y a aucun respect de la distance entre les fosses septiques et les puits. Il y a même un ménage qui a transformé le puits en fosse septique. Ce comportement et d'autres peuvent avoir des effets néfastes sur les composants de l'environnement. Notre travail de recherche consistait dans un premier temps à analyser la qualité microbiologique des eaux de puits dans la région rurale d'étude, par séquençage moléculaire des microorganismes. Les résultats ont confirmé la contamination par plusieurs virus et bactéries pathogènes (Legionella, Acinetobacter, Pseudomonas_aeruginosa, Stenotrophomonas, Sphingomonas, Flavobacterium, Caulobacter, Nitrosomonas, Nitrospira, Streptomyces…). Ensuite, pour déterminer l'impact de la consommation des eaux de ces puits sur le microbiome intestinal ; nous avons analysé le microbiome intestinal des sujets marocains qui boivent l'eau contaminée et comment leurs microbiomes se comparent à ceux d'individus vivant en milieu urbain et consommant les eaux potables. Pour ce faire, nous avons étudié les microbiomes intestinaux de trois cohortes au Maroc. Les personnes vivant au Maroc rural, les Marocains vivant en zone urbaine et les sujets migrants d'autres pays africains qui vivent maintenant dans le Maroc urbain. Les trente sujets ruraux consommaient l'eau directement des eaux souterraines. Nous avons analysé la composition du microbiome par séquençage d'amplicon ARNr 16S/ITS et de « Shotgun ». Les résultats ont indiqué que la diversité n'était pas affectée par les sources d'eau et que les microbiomes intestinaux des individus ruraux étaient plus semblables les uns aux autres que les microbiomes des individus urbains.