Identification et caractérisation des gènes de tolérance aux stress abiotiques chez Argania spinosa L. : Approches bio-informatique, génomique et métabolomique

Abstract

L’arganier (Argania spinosa L.) a développé au cours de son évolution, des pouvoirs d’adaptation en modulant/ajustant divers mécanismes. Leur élucidation reste la clé pour la sauvegarde de cette espèce, sa préservation face aux changements climatiques/son amélioration via des programmes de sélection assistée par des marqueurs identifiés. La présente recherche a pour but d’évaluer la capacité d’adaptation d’écotypes d’arganier à travers l’étude de leur comportement physiologique, biochimique, métabolomique/génomique, sous l’effet de stress abiotique. Suite à une investigation in silico, différents marqueurs SSR adéquats associés aux gènes aquaporines ont été développés pour la sélection d’arganiers adaptés au changement climatique. Par-ailleurs, l’étude des gènes candidats par exploration du draft du génome d’arganier publié a porté sur deux membres de famille des gènes : Aquaporines/NHXs. Un total de 23 gènes putatifs codant pour l'aquaporine (AQPs) ont été identifiés/ils sont subdivisés en cinq sous-familles distinctes. Le nombre d’exon varie de 3 à 5 selon les membres d’AQPs. Tous les membres d’AQPs possèdent deux domaines conservés ‘NPA’: Asparagine/Proline/Alanine’)/dont la fonction est identifiée chez plusieurs espèces végétales. En ce qui concerne les antiporteurs NHX, 4 gènes ont été prédits/identifiés. La longueur de leur séquence protéique/leur masse moléculaire varient de 243 acides aminés (26.87 KD) à 721 (80.39 kD), respectivement pour les protéines AsNHX4/AsNHX3. Les hélices transmembranaires varie de 5 à 11 hélices.