TYPAGE DES BACTÉRIES DANS LES SERVICES DE RÉANIMATION

Abstract

Contexte : L’évolution rapide des résistances bactériennes met les cliniciens au défi de traiter le patient tout en évitant la survenue de nouvelles résistances. Disposer précocement de l’épidémiologie locale et détecter rapidement ces épidémies s’avère crucial. Dans ce cadre, le génotypage est considéré comme un outil essentiel pour maîtriser cette flambée de résistance et constitue le sujet de cette thèse.

Objectif : Cette revue systématique vise à comparer et analyser l'efficacité des différentes méthodes de typage moléculaire des souches bactériennes épidémiques dans les unités de soins intensifs, en examinant leur sensibilité diagnostique et leur pertinence pour la surveillance épidémiologique et le contrôle des infections nosocomiales.

Méthodes : Une recherche documentaire exhaustive a été réalisée dans les bases de données PubMed, Web of Science et Scopus, incluant les publications parues entre 2014 et 2025. Les articles en français ou en anglais ont été sélectionnés selon des critères d'inclusion prédéfinis et leur qualité méthodologique a été évaluée à l'aide de la checklist JBI. Cette revue synthétise 19 études comparatives portant sur la performance des méthodes de typage appliquées à sept espèces bactériennes.

Résultats : Le séquençage du génome entier constitue la méthode de typage la plus performante en termes de sensibilité, malgré des contraintes liées à son coût élevé et au délai d’obtention des résultats. Sa capacité à caractériser et différencier les souches en fait l’outil de référence en contexte épidémique.

Conclusion : Une approche combinée associant des méthodes de criblage rapide et le séquençage du génome entier pour les investigations complexes apparaît la plus appropriée. Les contraintes économiques et temporelles du WGS limitent toutefois son utilisation en routine, justifiant le maintien parallèle de méthodes traditionnelles pour assurer une surveillance épidémiologique efficace dans les unités de soins intensifs.