Diversité génomique neutre et adaptative des races ovines (Ovis aries) autochtones au Maroc

Abstract

Ce travail de thèse s’appuie sur l’analyse des données des génomes complets (WGS) des ovins au Maroc représentant l’ensemble du cheptel national. L’objectif de cette étude est de caractériser la diversité génétique, l’histoire démographique ainsi que les signatures de sélection intra et inter population dans les principales races ovines élevées au Maroc et d'étudier les bases génomiques de leurs variations morphométriques. Les variants des génomes complets de 87 individus, représentant cinq races ovines locales prédominantes au Maroc, ont été analysées pour déterminer leur niveau de diversité génétique et estimer l’évolution de la taille efficace de ces races au cours du temps. En outre, la relation génétique entre ces cinq races marocaines et certaines races algériennes a été mise en étude, pour explorer le niveau d’homogénéité génétique entre elles tout en se concentrant sur les races transfrontalières des deux pays. Concernant la détection des signatures de sélection, deux méthodes ont été utilisées ; une conçue pour détecter les signatures de sélection au sein de chacune des cinq races marocaines et l’autre pour détecter les signatures de sélection différenciant ces races les unes des autres. Ces deux méthodes ont permis d’identifier des centaines de régions génomiques et gènes sous sélection au sein des races étudiées et nous avons, ensuite, mis en évidence les processus biologiques liés à l'adaptation locale (ex : la protection UV, le comportement alimentaire) ainsi que ceux liés aux performances zootechniques (ex : la maturation cellulaire, la croissance) caractérisant chacune de ces races. En plus, une étude d'association pangénomique (GWAS) a été réalisée tout en associant les variations génomiques, de 160 moutons marocains, relevées à la meilleure résolution possible des génomes (WGS à taux de couverture de 12X) avec sept indicateurs morphométriques qui pourraient affecter le potentiel adaptatif (ex. longueur des oreilles) ou le potentiel productif (ex : Hauteur au garrot, Tour de canon). Les résultats obtenus ont révélé une grande diversité génétique au sein des races marocaines (donc un potentiel adaptatif élevé), des signatures de sélection dans des gènes qui ont un rôle important dans certains traits d'intérêt et un meilleur aperçu sur l’histoire d’évolution des races locales. Ce qui en fait de ces races locales une ressource génétique précieuse pour la conservation de l’espèce mouton à l'échelle mondiale. Egalement, une grande homogénéité a été révélée entre les cinq races marocaines avec la majorité des races algériennes étudiées. En plus, l’étude GWAS nous a permis de mettre en évidence les variants génomiques potentiellement responsables des variations morphométriques et d’identifier les mutations impliquées dans l'adaptation et dans les performances zootechniques. Ces mutations devraient permettre d'intégrer ces variations, après leur validation, dans des schémas de sélection visant à améliorer la productivité de ces races ovines ainsi que leur adaptabilité à certaines conditions climatiques