Biodiversité, screening et évaluation des performances agronomiques de bactéries PGPR isolées de la rhizosphère d'oliviers cultivés dans des oasis marocaines

Abstract

Cette thèse se consacre à l'étude de la diversité et des fonctions des communautés microbiennes associées à Olea europaea (olivier) dans les sols de trois régions au Maroc : Zouala, Errachidia et Essaouira. L'objectif principal de cette recherche est de mieux appréhender les interactions entre ces communautés microbiennes et les oliviers, tout en évaluant leur potentiel en tant que agents favorisant la croissance, stimulateurs et protecteurs biologiques pour les arbres d'olivier. Pour atteindre cet objectif, les bactéries prélevées de la rhizosphère de l'olivier ont été caractérisées en termes de leur résistance aux stress (thermique et salin) et de leurs traits de promotion de la croissance des plantes in vitro. Pour explorer la diversité bactérienne, des techniques moléculaires telles que la Rep-PCR et le séquençage de l'ADNr 16S ont été utilisées. Les résultats ont mis en évidence des profils bactériens spécifiques à chaque région étudiée. De plus, plusieurs souches bactériennes ont montré une résistance aux stress et diverses activités bénéfiques pour les plantes, notamment la solubilisation du phosphate et du potassium, la production d'auxine, la sécrétion de sidérophores et la synthèse d'exopolysaccharides. Deux souches particulièrement performantes ont été sélectionnées pour des études plus approfondies, notamment en ce qui concerne la variation de la source de phosphate et l'impact du stress hydrique et salin sur certains de leurs traits de promotion de la croissance. Par exemple, la souche Pantoea a montré une capacité accrue à produire de l'auxine (AIA) et des exopolysaccharides (EPS) en réponse au stress. De plus, ces deux souches ont démontré une capacité à inhiber la croissance du pathogène Verticillium dahliae in vitro. Par la suite, ces deux souches ont été inoculées dans de jeunes plants d'olivier, à la fois en l'absence et en présence du pathogène. Les résultats ont révélé une amélioration significative des paramètres de croissance chez les plantes inoculées avec la souche MRCZO97 dans les traitements (sans pathogène). En ce qui concerne les traitements en présence du pathogène, MRCZO97 et MRCZO17, ainsi que leur combinaison MRCZO97 + MRCZO17, ont montré une amélioration de plusieurs paramètres de croissance et une réduction significative de l'incidence de la maladie sur les plantes infectées par rapport aux plantes témoins.