ANALYSE DES PROBIOTIQUES PAR SEQUENCAGE DE TRISIEME GENERATION: NANOPORE OXFORD

Abstract

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants administrés à l'organisme en quantités suffisantes afin d'offrir des avantages pour la santé. Leur étude permet de mieux comprendre leurs fonctions, leurs mécanismes et leurs applications. Au cours de ce travail, les kits BIOLINE et MagPurix ont été utilisés pour extraire l’ADNg à partir des échantillons de probiotiques commercialisés. Le NanoDrop™ a été utilisé ensuite pour quantifier l’ADN extrait. Les résultats obtenus ont été vérifier avec un dosage par Qubit. Les espèces présentes dans les échantillons ont toutes été identifiées par séquençage à l'aide de la technologie MinION (Oxford Nanopore Technology). La technologie MinION a démontré un haut degré de précision et de rapidité dans l'identification moléculaire. Le séquençage de troisième génération a été utilisé pour confirmer l'existence des espèces suggérées dans les échantillons en raison de sa capacité à identifier chaque espèce dans un échantillon. Parmi ces espèces, Weizmannia coagulans s'est avérée répandue dans les échantillons. Les résultats démontrent également que des facteurs tels que la contamination, l'ADN de mauvaise qualité et la mauvaise préparation des échantillons peuvent avoir un impact sur la sensibilité et la précision du MinION en matière d'identification des espèces, puisque le séquençage n'a pas permis de valider définitivement l'existence des espèces proposées dans un échantillon. Mots-clés : Haute précision, Identification moléculaire, Oxford Nanopore, Probiotiques, Séquençage de nouvelle génération (NGS), Technologie MinION.