EVOLUTIONARY DYNAMICS OF SARS-COV-2 DELTA AND OMICRON VARIANTS IN MOROCCO: WHOLE GENOME SEQUENCING AND GENOMIC ANALYSIS

Abstract

La pandémie de COVID-19 a été un défi sanitaire mondial sans précédent. Cette thèse se concentre sur le suivi des variants Delta et Omicron du SARS-CoV-2 au Maroc. En utilisant le Ion Torrent S5 Prime pour le séquençage de nouvelle génération, 415 génomes de SARS-CoV-2 ont été séquencés entre Mars 2020 et Novembre 2022. 164 génomes Delta et 937 génomes Omicron du Maroc ont été analysés. Pour le Delta, au moins quatre introductions distinctes au Maroc ont été détectées, avec la sous-lignée Delta AY.33 dominante dans la région. Trois mutations spécifiques aux isolats marocains AY.33 dans le domaine N-terminal (NTD) de la protéine Spike ont été identifiées; T29A, T250I et T299I. Ces mutations peuvent affecter la fonction de la protéine Spike. Pour l'Omicron, une diversité génétique distincte dans les génomes marocains a été observée, avec plusieurs sources d'introduction. Certains clades, comme le clade 22E, ont montré une plus grande transmissibilité à l'échelle mondiale. Des mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine Spike, telles que K444T et N460K, ont été identifiées, potentiellement renforçant la capacité du variant à échapper à l'immunité conférée par les vaccins. Cette recherche souligne l'importance de la surveillance génomique pour comprendre la dynamique du SARS-CoV-2. Elle offre des indications utiles pour la santé publique nationale et internationale, améliorant notre compréhension de la pandémie de COVID-19 au Maroc et aidant à la préparation de mesures de santé publique pour atténuer la propagation des variants actuels et futurs.