APPORT DE LA BIOLOGIE MOLECULAIRE DANS LE DIAGNOSTIC DES INFECTIONS RESPIRATOIRES AIGUES BASSES COMMUNAUTAIRES

Abstract

Les infections respiratoires basses (IRABC) constituent un problème de santé publique en raison de leur fréquence et de leur gravité potentielle. On distingue trois entités cliniques : les pneumopathies aigûes communautaires (PAC), les bronchites aigûes d'évolution spontanément favorable et les exacerbations aigûes de bronchopneumopathie chronique obstructive (EABPCO). Certains caractères cliniques communs (toux, expectoration, dyspnée) rendent leur distinction parfois difficile. Aucun outil microbiologique n'est 100 % sensible ni100 % spécifique et malgré les investigations, plus de 30 % des pneumopathies restent sans étiologie identifiée. Si aucun prélèvement n'est indiqué pour les patients traités en ambulatoire, les prélèvements respiratoires non invasifs sont à privilégier pour les pneumopathies aigûes hospitalisées, tandis que les prélèvements invasifs sont indiqués en seconde ligne pour les pneumopathies aigûes communa , utaires en réanimation. La culture microbiologique garde une place importante, à condition que le malade soit prélevé avant instauration de l'antibiothérapie. Certains contextes peuvent justifier le recours aux hémocultures, à la recherche d'antigènes urinaires ou aux sérologies. Le développement récent de diagnostics moléculaires, particulièrement les panels moléculaires multiplex, capables de détecter de nombreux micro-organismes en quelques heures, a révolutionné la microbiologie clinique. Le séquen{D0}cage nucléotidique haut débit révolutionnera bientôt le diagnostic microbiologique, en pneumologie comme dans les autres domaines de l'infectiologie. Permettant ainsi le passage d'une prise en charge empirique basée sur l'épidémiologie, à une prise en charge ciblée sur le pathogène et son profil de résistance.