Metagenomics analysis of the marine microbiome in Moroccan coastal lagoons - Bouchra Chaouni (Faculté des Sciences de Rabat, 2021)
Les lagunes sont des écosystèmes marins fragiles qui sont considérablement affectés par les polluants anthropiques. Nous avons réalisé une caractérisation spatio-temporelle du microbiome de deux lagunes marocaines, Marchica/Oualidia, classées comme sites Ramsar, le premier sur le littoral méditerranéen/le second sur le littoral atlantique. Nous avons étudié leur diversité/leur abondances microbiennes à l'aide d'approches métagénomiques basées sur des amplicons d'ARNr 16S au cours des étés 2014/2015. Le microbiome bactérien était composé principalement de protéobactéries (25–53 %, 29–29 %), 12%, 11–0,53%), Bacteroidetes (24–16%, 23–43%), Actinobacteria (7–11%, 13–7%)/Verrucomicrobia (4–1%, 15–14%) à Marchica/Oualidia en 2014/2015, respectivement. 48 souches ont été nouvellement signalées dans les écosystèmes lagunaires, tandis que huit virus inconnus ont été détectés uniquement dans la Marchica méditerranéenne. L'analyse statistique a montré une diversité microbienne plus élevée dans la lagune atlantique que dans la lagune méditerranéene/une relation robuste entre la diversité alpha/les emplacements géographiques d'échantillonnage. Cette toute première étude métagénomique sur les écosystèmes aquatiques marocains a enrichi le catalogue national des microorganismes marins. Ils seront étudiés en tant que candidats pour les propriétés de bioindication, le potentiel de biosurveillance, la valorisation de la biotechnologie, la protection de la biodiversité/l'évaluation de la santé des lagunes.
Analyse bioinformatique du microbiome des écosystèmes marins marocains par une approche métagénomique
Keywords: metagenomics; marine microbiome; Moroccan lagoons; biodiversity; bioindicators; Biologie